Ιδρύθηκε το 2015 και στεγάζεται στο Πολιτιστικό Κέντρο Μπούρτζι του Δήμου Σκιάθου. Η Σκιάθος λόγω της γεωγραφικής της θέσης αλλά και του ασφαλούς λιμανιού της, ήταν προορισμένη να παίξει σπουδαίο ρόλο τόσο στη ναυπηγική όσο και στη ναυτική παράδοση. Το 478 π.Χ. οι Σκιαθίτες προσχωρούν στην πρώτη Αθηναϊκή ναυτική συμμαχία και αργότερα προσχώρησαν και στη δεύτερη. Στους ταραγμένους καιρούς που ακολούθησαν Μακεδόνες, Ρωμαίοι, Ενετοί, Οθωμανοί χρησιμοποίησαν τη Σκιάθο πάντοτε ως βάση εξορμήσεων των κατακτητικών τους σχεδίων.
Μετά τους Ρωσοτουρκικούς πολέμους, οι Σκιαθίτες απέκτησαν το δικαίωμα να ναυπηγούν στο νησί τους μικρά σκάφη .Αργότερα δόθηκε η δυνατότητα στους πλοιάρχους να μεγαλώσουν τα σκάφη τους, αλλά και να επεκτείνουν τη δραστηριότητά τους τόσο στη Μεσόγειο όσο και στη Μαύρη Θάλασσα.Η μεταφορά της πόλης από το απομονωμένο ως εκ της θέσεώς του Κάστρο στη σημερινή θέση, του ασφαλούς λιμένος, έδωσε τεράστια ώθηση τόσο στην ανάπτυξη της ναυπηγικής όσο και της ναυτοσύνης.
Οι πρωτοβουλίες των σκιαθιτων να δώσουν στα πληρώματα μερίδιο πάνω στα κέρδη καθώς και η εργατικότητα τους υπήρξαν οι βασικοί πυλώνες πάνω στους οποίους αναπτύχθηκε η Σκιαθίτικη ναυτιλία.
Όταν το 1833 επετράπη η ξύλευση των πυκνών δασών άρχισε μια εντατική ναυπήγηση ιστιοφόρων πλοίων. Οι πρωτομάστορες ήταν επί το πλείστον αγράμματοι και για να βάλουν την υπογραφή τους προσλάμβαναν κάποιον που γνώριζε να γράφει.
Οι αγράμματοι αυτοί λοιπόν ναυπηγοί δεν αντιμετώπισαν κανένα μα κανένα πρόβλημα να κατασκευάζουν σκάφη τα οποία τόσο για το μέγεθός τους όσο και για την εξαιρετική ναυπηγική γραμμή τους, επέσυραν την προσοχή και το ενδιαφέρον επιστημόνων ναυπηγών, τόσο εντός όσο και εκτός Ελλάδας.
Ο πλοίαρχος του Αγγλικού Πολεμικού Ναυτικού James Kennedy, σε έκθεσή του προς το αγγλικό Ναυαρχείο, κάνει ιδιαιτέρως εύφημο μνεία για τους αγράμματους αυτούς ναυπηγούς, στις επίσημες δε εκδόσεις του το Ναυαρχείο, αναφέρεται στη ναυπηγική τέχνη των Σκιαθιτών. Μεγάλο ρόλο στην ανάπτυξη της Σκιαθίτικης Ναυτιλίας εκτός από τους άριστους ναυπηγούς έπαιξε το συνεταιριστικό πνεύμα. Το πνεύμα αυτό καλλιεργήθηκε από το τέλος του 17ου αιώνα, και βασίστηκε στην εμπιστοσύνη και τιμιότητα μεταξύ των Σκιαθιτών.Τα εκθέματα αφηγούνται τη μακρόχρονη ναυπηγική παράδοση των Σκιαθίτικων ταρσανάδων που βοήθησε στην ανάπτυξη της Σκιαθιτικης ιστιοφόρου ναυτιλίας μέχρι το 19ο αιώνα, όπως και τη μετεξέλιξή της στην ατμήρη ωκεανόπλοιο ναυτιλία. Η μόνιμη συλλογή απαρτίζεται από εξακόσια και πλέον εκθέματα, μεταξύ αυτών, ναυπηγικά εργαλεία, σχέδια και κατάστιχα κατασκευής ιστιοφόρων στους Σκιαθίτικους ταρσανάδες, αναπαράσταση παραδοσιακής κοπής ναυπηγικής ξυλείας, μια σπάνια συλλογή μικροναυπηγικής όπως και πίνακες ζωγραφικής (τέλη 19ου αιώνα) Σκιαθίτικων ιστιοφόρων.Στο τμήμα της έκθεσης που παρουσιάζει την ποντοπόρο ναυτιλία, υπάρχουν ναυτικοί χάρτες, όργανα ναυσιπλοΐας και ημερολόγια (γέφυρας, μηχανής και ασυρμάτου), διπλώματα αξιωματικών και κατώτερου πληρώματος, μια πλήρη αναπαράσταση γέφυρας πλοίου τύπου Liberty, ομοιώματα σκαφών του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού καθώς και ένα μικρό αφιέρωμα στο Υποβρύχιο ‘Κατσώνης’, που βυθίστηκε ανοιχτά της Σκιάθου το 1943 κατά την διάρκεια του Β παγκοσμίου πολέμου.