Ο ναός των Τριών Ιεραρχών βρίσκεται στο κέντρο της πόλης πάνω από το παλιό λιμάνι και χτίστηκε το 1846.
Μέσα στον ναό στο αριστερό κλίτος, εξέχουσα θέση κατέχει ο ξυλόγλυπτος θρόνος που βρίσκεται η Θαυματουργή Εικόνα της Παναγίας Εικονίστριας που είναι η πολιούχος του νησιού.
Στη θέση του σημερινού Ναού υπήρχε η παλιά εκκλησία επίσης των Τριών Ιεραρχών που καταστράφηκε από τους Τούρκους το 1823 . Ο ναός αυτός επισκευάστηκε αλλά κατεδαφίστηκε το 1845 αφού οι ανάγκες της ενορίες ήταν μεγάλες και στην θέση του έγινε η ανέγερση του σημερινού Ναού με δαπάνη της κοινότητας όπως μαρτυρούν οι δύο επιγραφές. Ήταν Κυριακή 24 Νοεμβρίου του 1846 όταν εγκαινιάστηκε με λαμπρότητα.
Αξιοπρόσεκτο είναι το μαρμάρινο τέμπλο, το οποίο φιλοτεχνήθηκε το 1883 και φέρει γοτθικά στοιχεία, αφού το αρχικό του σχέδιο προοριζόταν για καθολικό ναό στη Λυών της Γαλλίας. Οι έξι φορητές εικόνες του μαρμάρινου τέμπλου φιλοτεχνήθηκαν το 1890 στο Άγιο Όρος.
Εντός του ναού φυλάσσονται πολλά και μεγάλης θρησκευτικής σημασίας εκκλησιαστικά κειμήλια και πολλές εικόνες που χρονολογούνται από τον 17ο έως και τον 20ο αιώνα. Πολλά από αυτά προέρχονται από τις εκκλησίες του Κάστρου της Σκιάθου και αποτελούν τεράστια πολιτιστική κληρονομιά.
Πάνω από 40 ξωκλήσια υπάγονται στην ενορία των Τριών Ιεραρχών καθώς και δύο παρεκκλήσια εντός του ναού, του Οσίου Διονυσίου του εν Ολύμπω και του Αγίου αποστόλου Θωμά.
Επίσης εντός του ναού φυλάσσονται, μέσα σε ασημένιες
λειψανοθήκες πολλά Ιερά Λείψανα Αγίων όπως των Αγίων Φλώρου και Λαύρου που προς τιμήν τους χτίστηκε το ξωκλήσι στον Τσουγκριά όπου τελείται πανήγυρη στις 18 Αυγούστου.
Ο Ναός αποτέλεσε τον πνευματικό χώρο όπου γαλουχήθηκαν οι δύο κορυφαίοι Σκιαθίτες διηγηματογράφοι Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης και Αλέξανδρος Μωραϊτίδης.
Αξιοσημείωτο είναι τέλος, ότι στις κατανυκτικές ακολουθίες του Πάσχα η περιφορά του Επιταφίου δεν τελείται το βράδυ της Μεγάλης Παρασκευής όπως στην υπόλοιπη Ελλάδα αλλά τις πρώτες πρωινές ώρες του Μεγάλου Σαββάτου σύμφωνα με παλαιό έθιμο του Αγίου Όρους.
λειψανοθήκες πολλά Ιερά Λείψανα Αγίων όπως των Αγίων Φλώρου και Λαύρου που προς τιμήν τους χτίστηκε το ξωκλήσι στον Τσουγκριά όπου τελείται πανήγυρη στις 18 Αυγούστου.
Ο Ναός αποτέλεσε τον πνευματικό χώρο όπου γαλουχήθηκαν οι δύο κορυφαίοι Σκιαθίτες διηγηματογράφοι Αλέξανδρος Παπαδιαμάντης και Αλέξανδρος Μωραϊτίδης.